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的系统工程开始在北疆全面推行。
其核心思路是：化整为零，寓兵于农，亦兵亦商，将过去的纯消耗型边防，转变为生产型、盈利型的边疆开发区。
首先是对现有边军进行精简化、职业化改编。
最精锐的部分被抽调到京畿，编入完全由新式火器武装的“神机新军”
，进行专业化训练，作为帝国的战略打击力量。
另一部分则转为常备的边境守备部队，负责要点驻防、巡逻边境、维护治安，但其规模和驻防点都大大优化，更加倚重电报网络实现的快速反应能力。
而数量最为庞大的，则是原本承担垦戍任务的军户以及部分裁撤下来的士兵。
他们成为了这次转制的核心。
朝廷颁布了极其优厚的“授田令”
：凡是愿意留在北疆转为屯垦的军户及退伍士兵，按户授予远超内地标准的土地（往往是新勘定的无主荒地或从蒙古各部交换来的草场），并免除前五年的税赋。
官府提供耕牛、种子、农具等初始生产资料，鼓励他们发展农业、畜牧业。
但商鞅和武穆公的规划远不止于此。
他们深刻地认识到，单纯的农业产出，不足以完全吸纳劳动力，也难以让边疆真正富裕起来。
于是，一个名为“北疆商贸公司”
的官督商办机构应运而生。
这个公司由内帑和民间商人共同出资，负责统一收购屯垦区生产的粮食、牲畜、毛皮、药材等农产品，并组织手工业生产（如毛纺、皮革加工、酿酒等），再将产品运输至内地销售，或用于边境贸易。
同时，武穆公充分利用条约签订后稳定的边境环境，大力拓展与俄罗斯及蒙古各部的贸易。
在指定的互市地点（如库伦、恰克图等地），来自中原的茶叶、丝绸、瓷器、铁器，与来自北方的毛皮、牲畜、木材、宝石进行大规模交换。
“北疆商贸公司”
在其中扮演了主导角色，既规范了市场，避免了恶性竞争，也为朝廷带来了可观的关税收入。
这样一来，留在边疆的将士们，身份发生了根本转变。
他们不再是单纯的戍卒，而是拥有自己土地的农民、牧场主，或是商贸公司的员工、股东。
他们的收入来源多元化，生活水平显著提高，安家落户的意愿大大增强。
边疆地区不再是需要内地不断“输血”
的无底洞，反而因为农业开发和边境贸易，开始向朝廷上缴税收，虽然初期数额不大，但象征意义巨大，预示着北疆正从一个军事负担，转变为帝国新的经济增长点。
帝国的北疆，在刀兵暂歇之后，迎来了一场深刻的社会经济变革。
曾经的烽火台旁，建起了新的村落和作坊；过去的军事驿道上，奔驰着满载货物的商队。
一种新的、基于利益共享和经济联系的稳固秩序，正在广袤的北方大地逐渐成形。
瀛州楷模，科举新试
诸葛亮在瀛州（日本）的治理，历经数载，成效卓著。
他并非一味强压，而是刚柔并济，一方面坚决镇压任何反抗势力，推行汉化政策；另一方面，注重恢复生产，兴修水利，推广先进农业技术，建立学校，教化民众，并大胆起用愿意合作的当地豪族担任基层官吏。
他所制定的《瀛州治理暂行条例》，将军事管制、文化同化与经济发展有机结合，形成了一套行之有效的、适用于新附之地的治理模式。
瀛州从最初的反抗不断，到如今社会秩序基本稳定，经济逐步恢复，甚至开始向本土输送白银、硫磺等物资，其变化有目共睹。
朱由检与内阁、吏部大臣们仔细研究了瀛州的经验，认为其中许多措施，尤其是建立清晰高效的基层行政体系、注重经济发展与民生改善、以及循序渐进的教化政策，对于内地一些新收复的地区（如云贵黔等地的土司改流区域）以及未来的边疆治理，具有极高的借鉴价值。
于是，朝廷决定，将《瀛州治理暂行条例》中的精华部分进行提炼修改，逐步推广至内地相关省份，以期提升治理效能。
然而，诸葛亮治理成功的背后，是其麾下拥有一批既通晓经史子集，又擅长刑名钱谷、水利农桑等实务的干练之才。
这触动了朱由检和朝廷中有识之士的一个更深层次的思考：如何系统性地培养和选拔这类能够解决实际问题的官员？现行的科举制度，以八股文取士，固然能选拔出文学优长、熟谙儒家经典的人才，但对于日益复杂的国家治理，特别是新兴的格物、工程、商贸、外交等领域，显得力不从心。
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