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随着牛津大学外流师生的到来，剑桥的教学得到明显发展，并逐渐取得了法人社团的地位，大学开始呈现雏形。
大约在1225年前后，剑桥的教师就从他们当中选出了一位校长，其权力得到了英王亨利三世的认可，大学有了自主管理权。
1233年，教皇格列高利九世（PoryⅨ）发布特许令，给予剑桥“校长及大学学者”
以特别豁免权。
建校之初，剑桥更多地模仿巴黎大学，开设的课程主要是语法、修辞、逻辑以及一些数学、几何、天文和音乐课程。
在此基础上，也加设了文科、法科、神学和医学。
1284年，伊利主教巴尔沙姆（HughBalsham）仿牛津大学的办学模式，创建了剑桥大学的第一所学院——彼得豪斯学院。
1318年，教皇约翰二十二世（JohnXXⅡ）正式颁布令状，承认该校为大学。
此后，学院不断创立，到了1370年前后，剑桥共有8所学院。
1381年，剑桥大学受到起义农民的攻击，财产损失严重，学校的档案也被毁灭。
经过这次大劫，它过了好长时间才恢复元气。
刚刚兴起的英国中世纪大学，最初由教皇承认，随后得到国王的某些特权恩赐。
大学有着相当大的自治权，不过教会仍操控大学事务，一般而言，最初的大学教师主要是教士，教会授予教师以执教的权力以及一些特别的豁免权。
大学的主要管理权在具有教士身份的教师手中，教师管理课程、收费等事务。
以剑桥大学为例，13世纪早期，校长由授课的大学教师推举，但校长的选举必须由主教认定，同时校长需宣誓效忠教会。
从13世纪中期开始，牛津大学和剑桥大学在各自校长的带领下对伊利主教、林肯主教和坎特伯雷大主教进行斗争，斗争的焦点是大学校长的任命权以及主教对学校的司法干预权。
在斗争中，两所大学最终求助于罗马教皇而获胜，1401年，剑桥大学得到了卜尼法斯九世（PopeBonifaceⅨ）的授权，从此校长不必再经主教认可。
1433年，剑桥大学又获得教皇犹金四世（PopeEugneⅣ）的训谕而完全摆脱了伊利主教和坎特伯雷大主教的管辖。
牛津大学则在1479年因教皇西克斯图斯四世（SixtusⅣ）的训谕获得同样的权利。
在牛津、剑桥两所大学之兴起的影响下，一些教会团体也创建规模较小的宗教学院，教授神法、语法、修辞等。
著名的格拉斯尼（Glasney）学院就在1266年的约克郡的豪顿设立，不久又在康沃尔郡、切斯特等地建立，这类学院完全受控于教会。
随着教育的发展，一些为社会各阶层开设且独立于教会的学院也逐渐出现，如1382年建立的温切斯特学院，1440年建立的伊顿公学等，这类学院主要从事于适应于世俗各阶层求知兴趣的教学，获得国王批准而享有完全的“自我管理”
的权利，学校气氛也比较活泼。
当时还兴起了具有学校和社会团体双重特征的法学院（Inn），专事民法教学，其中以林肯法学院（Lin'sInn）、中寺法学院（MiddleTemple）、内寺法学院（Iemple）和格雷法学院（Gray'sInn）最为有名。
这类法学院是世俗法律人士的专业团体，从事法律问题的研究与教学，有自己的管理机构，教师多为法律学者，还有王家法官，他们既从事教学，也担任律师参与司法案件的审理。
入学者要学习法律文书、案例分析与相关的审判程序，毕业后再从政府那里获得从业证书而成为律师，有的还担任王家各类法庭的法官。
15世纪著名的法学家和政治家福特斯鸠，就曾经在1420年进入林肯法学院学习和任教，并在1424-1430年间担任院长。
在中古西欧，罗马教会的神学思想将教、俗统治秩序神圣化，成为占据统治地位的意识形态。
但“异端”
思潮在大约10世纪后期开始出现，受巴尔干半岛鲍格米勒派主张的影响，英国在13世纪也开始酝酿。
英国的宗教“异端”
思想有一个明显的趋势，那就是从哲学层面逐渐向政治层面发展，最终从哲理的争辩走向对教会神权的批判，从对经验性真理的捍卫演变为建构民族的、廉价的教会的诉求，这样的流变是从经院哲学内部开始的。
在11世纪，英国曾经产生一位著名神学家安瑟伦（Anselm，1033-1109年），他是经院哲学正统派别“唯实论”
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