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于是被基督教教义改造过的亚里士多德哲学成了官方哲学。
托玛斯·阿奎那是这种官方哲学的最高权威。
他明确主张哲学服务于神学，反对阿拉伯先进哲学家提出的“二重真理”
说，他区分理性和信仰，但又力图调和二者，他认为启示高于理性，哲学是以理性解释上帝，不能与宗教信仰相矛盾。
关于普遍与个别的问题，托玛斯采取温和的实在论的立场。
14世纪初至15世纪中叶，是中世纪哲学的末期。
由于罗马教会的衰微，自然科学的发展，加之亚里士多德哲学中重经验事实的本来面目逐步被认识，人们厌弃教会曲解了亚里士多德，于是正统的经院哲学日趋没落，哲学愈益脱离神学。
在这个时期以前，12世纪的阿拉伯著名哲学家伊本·鲁士德（IbnRoshd，即Averroёs，1126—1198）已提出了反对正统经院哲学的思想。
他崇敬亚里士多德，甚至具有比亚里士多德更多的唯物主义思想，他提倡“二重真理”
说，否认真主干预世界，主张自然事物受因果必然性支配。
13世纪，伊本·鲁士德的学说盛行，形成了所谓“阿维洛伊主义”
的思潮，其最大代表是在巴黎大学任教的西格尔（SigerofBrabant，1235？—1282？）。
此外，在这个时期中，唯名论和渊源于新柏拉图主义的神秘主义异端思想也重新盛行。
个人自由的思想抬头。
这个时期的唯名论代表人物是罗吉尔·培根（RogerBa，1214？—1294）、约翰·邓·司各特（JohnDunsScotus，1265？—1308）、奥康的威廉（WilliamofOccam，1290？—1349），神秘主义的代表人物是艾克哈特（Eckhart，1260—1327）。
由于资本主义生产方式的形成以及自然科学的新发现和新发明，也由于中世纪哲学内部的原因，如经院哲学脱离实际的烦琐的推演方法，理性与信仰之逐渐分离，唯名论之重视个别，神秘主义之主张个人直接与上帝相通，等等，经院哲学便日趋崩溃，西方哲学史由中世纪哲学转入了近代哲学。
3.近代哲学
近代哲学亦分为三个时期：
第一期是由中世纪到近代的过渡期，即15—16世纪的所谓“文艺复兴”
时期。
这是一个自我觉醒的时代，人们的思想从空幻的彼岸世界回到了现实的此岸，从清净的僧院走到了纷扰的尘世，从而发现了自然，也发现了人自身。
追求知识，渴望个人自由，要求个性解放，反对教会的桎梏，要求发挥人的主体性，这就是当时人们的一般精神面貌。
自然和人成了当时思想界所研究的中心课题。
就是在这一研究的过程中，形成了人文主义和自然哲学两股互相联系而又有一定区别的思潮。
人文主义主张以人为中心，一切为了人的利益，是以资产阶级人道主义为核心的反封建、反神学的新文化运动，表现为对古代文化和各种哲学流派的研究和利用。
人文主义的主要代表有柏拉图派的普莱索（G.Pletho1355？—1450？）、贝沙里杨（Bessarion，1400？—1472）、费奇诺（M.Fius，1433—1499）和亚里士多德派的彭波那齐（PietroPompnazzi，1462—1524）等。
自然哲学的代表人物主要有库萨的尼古拉（NicolasofCusa，1401—1464）、特勒肖（B.Telesio，1508—1588）和布鲁诺（G.Bruno，1548—1600）。
这些自然哲学家在15世纪下半叶开始兴起的近代自然科学的基础上，用自己的唯物主义反对经院哲学的唯心主义，用经验观察的科学方法反对经院哲学的推演方法，用辩证的思想反对经院哲学的形而上学方法。
不过，近代自然科学的发展毕竟还刚刚开始，对自然的研究往往与魔术、炼金术、占星术纠缠在一起，新科学尚未完全获得独立的地位，因此，与这种自然科学状况相适应的自然哲学，还有不少想象和虚构的成分。
值得注意的是，自然哲学家尼古拉和布鲁诺从认识论的角度探讨了如何把握对立统一的途径问题。
尼古拉从当时自然科学的材料出发，在近代哲学史上第一次提出了对立面一致的原理。
他把多样性的统一归结为对立面的统一，认为只有对立的统一才是最高的真理，他还明确主张，要把握对立面的一致，需要经过相辅相成的三个阶段实即“感性”
、“知性”
和“理性”
。
17—18世纪末，是近代哲学的第二期。
这个时期，资本主义进一步发展，自然科学出现了分门别类的研究，现实世界成了可以由人类把握的对象或客体，哲学的兴趣集中于主体与客体的关系特别是二者的统一上，主体性原则成了近代哲学的主导原则。
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